Lidhur me kthimin e Jeni Xhamisë në muze kanë reaguar edhe organizatat joqeveritare. Nga organizata “Kopru” thonë se vendimi për kthimin e “Jeni” xhamisë në muze është një akt i papranueshëm për jetesën shoqërore dhe kulturore në vend. Nga atje thonë se e dënojnë ashpër këtë vendim të qeverisë dhe ministrisë përkatëse.
TABELË: ORGANIZATA JOQEVERITARE “KOPRU”
“Ky vendim, që shpall këtë xhami të çmuar të trashëgimisë sonë kombëtare, si muze kristiane dhe islame në mënyrë të paligjshme dhe pa transparencë ndaj publikut, është absolutisht i papranueshëm. E dënojmë ashpër këtë vendim të qeverisë dhe ministrisë përkatëse, akt ky që e njollosë kulturën tonë të bashkëjetesës dhe lëndon ndjenjat e bashkëkombësve dhe myslimanëve tanë”.
Nga Fondacioni Qendra e Civilizimit Islam “FOCIC” thonë se ky akt përbën një shkelje të qartë të parimeve themelore të drejtësisë dhe barazisë fetare, duke anashkaluar kushtetutën, të drejtën kombëtare dhe ndërkombëtare.
TABELË: FONDACIONI FOCIC
“Ky vendim jo vetëm që cënon të drejtën e myslimanëve për të praktikuar fenë e tyre, por gjithashtu krijon situata tensionuese dhe ndarjeje, mes shoqërive që kanë për synim harmoninë dhe mirëkuptimin ndërfetar. Me këtë rast, kërkojmë që autoritetet përgjegjëse të tërheqin menjëherë këtë vendim dhe të respektojnë statusin ligjor dhe historik të Xhamisë së Re si vend adhurimi”.
Gjithashtu, në lidhje me këtë akt të paarsyeshëm të Ministrisë së Kulturës, ka reaguar edhe shoqata “Genç Kalemler” e cila dënon ashpër vendimin e mbrëmshëm.